Metode terkini yang digunakan untuk pengelompokan makhluk hidup di bumi adalah menganalisis hubungan kekerabatan di antara makhluk hidup. Kebanyakan dari analisis filogeni berdasar pada gen yang mengkode produksi dari RNA ribosom karena ribosom merupakan komponen esensial yang ada pada makhluk hidup. Analisis filogeni makhluk hidup menggunakan gen yang mengkode 16S rRNA (pada prokariota) sama dengan 18S rRNA (pada eukariota). Small subunit rDNA tersebut mengandung informasi yang cukup untuk membedakan berbagai organisme menurut spektrum filogenetik (Madigan, 2012).
Gambar 1.1 Pohon filogeni makhluk hidup melalui perbandingan analisis untai gen Small sub unit rRNa organisme. Sumber: Madigan et al., 2012.
Analisis rantai DNA ribosom menunjukkan bahwa terdapat tiga domain (kelompok besar) organisme yaitu Bacteria, Archaea dan Eucarya. Ketiga domain tersebut memiliki perbedaan struktur selular dan fisiologi. Pada level dibawah domain belum bisa ditentukan taksonomi dari organismenya. Argumentasi lama menurut Whittaker 1969 menunjukkan tumbuhan, hewan dan fungi berada pada kingdom yang terpisah. Dengan demikian, sebuah anggapan dapat dibuat yaitu eucaryot uniseluler (seperti amoeba, slime molds, flagelata, dan sebagainya) seharusnya adalah setara dengan kingdom. Bagaimanapun, organisme tingkat rendah ini masih sangat minim dalam pengkajiannya sehingga dikumpulkan dalam kelompok Protista. Meskipun demikian, tidak ada hubungan yang memiliki banyak keseragaman di antara anggota Protista. Masing-masing kelompok memiliki ciri-ciri yang khas.
Fungi, animalia dan plantae adalah kelompok organisme multiseluler yang terletak pada puncak pohon filogenetik sudah terpisah menjadi kelompok sendiri. Pengkajian tentang kingdom ini sudah lebih banyak dibandingkan anggota organisme Protista.
Analisis molekular sudah cukup menjadi gambaran jelas tentang peneglompokan dunia makhluk hidup. Di sisi lain, sejak lama sudah dilakukan kajian yang mendalam tentang fungi. Bukti-bukti evolusioner, struktur dan fungsi mendukung pengelompokan fungi menjadi kelompok tersendiri. Berdasarkan pengkajian evolusioner tentang kingdom fungi ditemukan bahwa fosil fungi yang tertua ditemukan pada era Ordovician (460-455 juta tahun lalu) serta diketahui bahwa Chytridiomycota adalah jenis jamur yang tertua.
Sebuah fosil fungi lain ditemukan bersimbiosis dengan tumbuhan darat. Fosil ini mendatangkan miskonsepsi tentang fungi lebih dekat hubungan kekerabatannya dengan tumbuhan. Pada masa selanjutnya diketahui bahwa tidak cukup bukti dari hubungan kekerabatan tumbuhan dan fungi. Sebaliknya nenek moyang dari fungi dan animalia itu diduga sama yaitu protozoa yang disebut choanoflagellates. Jalur percabangan dari choanoflagellates digambarkan sebagai nenek moyang bagi animalia (porifera) dan fungi (chytrids) (Deacon, 2005).
0 komentar